鮭魚精DNA作為分子雜交、競爭結(jié)合和穩(wěn)定性研究的常用輔助試劑,其純度、濃度與儲存穩(wěn)定性都會直接決定實驗的重復(fù)性和信噪比,可從以下三方面理解:
1、純度
-雜質(zhì)(蛋白、RNA、寡糖、內(nèi)毒素)會競爭探針或藥物的結(jié)合位點,導(dǎo)致背景升高、結(jié)合常數(shù)被低估。
-電泳或光譜實驗中出現(xiàn)“拖尾”、額外吸收峰,往往提示純度<95%。
-高純度(≥95%)的鮭魚精DNA在紫外-可見掃描中A260/A280≈1.85、A260/A230≥2.0,可滿足大多數(shù)DNA-藥物相互作用、穩(wěn)定性及探針封閉實驗的要求。
2、濃度
-作為封閉劑時,常用終濃度50–200µgmL?¹;濃度過低(<20µgmL?¹)封閉不充分,膜雜交或FISH會出現(xiàn)非特異斑點;濃度過高(>500µgmL?¹)則探針有效濃度被稀釋,信號反而下降。
-在DNA-金屬/藥物相互作用研究中,濃度過低會使結(jié)合峰差值過小、Δε值誤差大;濃度太高又易產(chǎn)生內(nèi)濾效應(yīng),使紫外差分光譜失真。文獻(xiàn)常用1–5×10??molL?¹(以磷計)作為最佳區(qū)間。
-儀器定量線性范圍需預(yù)先校驗:超微量分光光度計對鮭魚精DNA在5ngµL?¹–2000ngµL?¹呈理想線性(R²≥0.999),低于5ngµL?¹時誤差顯著增大。
3、穩(wěn)定性
-溶液狀態(tài):4℃存放不宜超過1周,-20℃分裝可保存3–6個月;反復(fù)凍融>5次會出現(xiàn)剪切降解,表現(xiàn)為粘度下降、A260升高。
-干燥粉末:避光、干燥、-20℃密封可穩(wěn)定2年以上;受潮或室溫放置1個月后,GC區(qū)易發(fā)生脫嘌呤,熱變性溫度(Tm)降低2–4℃。
-穩(wěn)定性下降會直接影響Tm值、圓二色性(CD)信號及與金屬/藥物的結(jié)合常數(shù),導(dǎo)致實驗重現(xiàn)性差。
操作建議
1、購入后先測純度(A260/A280、A260/A230、瓊脂糖條帶完整性),不滿足要求時再用酚-氯仿抽提或樹脂柱純化。
2、按單次用量(如1mgmL?¹,50µL/管)分裝,-20°C避光保存;使用前65°C加熱5min快速退火,可減少聚集。
3、封閉或結(jié)合實驗前,用0.22µm過濾除菌并測定實際濃度,以消除凍存稀釋誤差。
只要控制純度≥95%、工作濃度落在儀器/方法驗證過的線性區(qū)間,并采用“分裝-冷凍-避免反復(fù)凍融”原則,鮭魚精DNA就能在雜交、封閉及相互作用研究中提供穩(wěn)定、可重復(fù)的背景。